Vytvorené:10. apríla 2020
Aktualizované:11. apríla 2020
@Michal Hvizdák
Nachádzate sa tu:
Vytlačiť

Genome Trax

Cesta k dátam: /work/Genome_Trax/2016-06-30

1 - Spustenie Annovar

ANNOVAR cesta k programom: /apps/annovar/

ANNOVAR spustite príkazom:

$ module load annovar
$ annotate_variation.pl  .....

2 - Spustenie Annovar v interaktívnom režime

Spustenie ANNOVAR v interaktívnom režime

Vytvorte si pbs skript (interactive.pbs) pre interaktívnu prácu

#!/bin/sh
# nazov vo fronte
#PBS -N interactive

# skript ziada - 1 vypoctovy nod s 12 jadrami, 7GB RAM na jadro 
#                a 12 hodin maximalny cas vypoctu
#PBS -l nodes=1:ppn=12,pmem=7gb,walltime=12:00:00

# Nazov projektu
#PBS -A UNIZA_PROJ

# vypoctova fronta - batch
#PBS -q parallel

# po ukonceni error file -  "Simple.err"
#PBS -e Simple.err

# stdout do suboru -  "Simple.result"
#PBS -o Simple.result

# zaslanie emailu -b begin, -e end, -a abort
# neposielat email (-n/none).
#PBS -m n

# zaslanie emailu na adresu
#PBS -M user@uniza.sk

# prenos nastavenia prostredia na vypoctovy nod
#PBS -v DISPLAY

# interktivne a povoli X11 forwarding
#PBS -I

3 - Spustenie interaktívnej úlohy 

$ qsub interactive.pbs

4 - Spustenie programov 

$ module load annovar
$ annotate_variation.pl  .....
Obsah