Klaster HPC UVP je prístupný pre zamestnancov UNIZA. Operačný systém Linux – Centos 8.
Výpočtové uzly majú 20 jadier, preto je vhodné škálovať počet požadovaných jadier pre výpočet ako násobok 20.
Pre získanie prístupu k HPC je potrebné kontaktovať technickú podporu na UNIZA.
Na lokálnom počítači musí byť inštalovaný softvér ANSYS, všetky potrebné balíky, v ktorých chceme spúšťať výpočty na HPC. Model sa vytvorí na lokálnom počítači používateľa a riešenie výpočtovej úlohy sa odošle na HPC. Návod je spracovaný pre ANSYS 2021R2 (v212).
Výpočty prostredníctvom RSM sú podporované pre tieto balíky Ansys:
- Ansys Workbench
- Ansys CFX
- Ansys Fluent
- Ansys Forte
- Ansys Icepak
- Ansys Mechanical APDL
- Ansys Polyflow
- Ansys Explicit Dynamics
- Ansys Rigid Body Dynamics
Konfigurácia prístupu na HPC
Konfigurácia prístupu na HPC prostredníctvom ssh a prenos súborov použitím scp s overovaním používateľa použitím šifrovacích kľúčov.
Príkazy v návodoch nižšie
Jeden príkaz
$ ssh-keygen -t rsa
Dva rôzne príkazy po sebe
$ ssh-keygen -t rsa
$ ssh HPC_USERNAME@login.svarog.hpc.uniza.sk pwd
Linux
1. Na lokálnom počítači musí byť inštalovaný balík openssh-client, procps, gawk, coreutils.
2. Na lokálnom počítači vygenerujeme kľúče pre pripojenie na server, pri dotaze na súbor potvrdíme predvolenú cestu a pri dotaze na heslo stlačíme Enter, použijeme príkaz:
$ ssh-keygen -t rsa
3. Vygenerovaný kľúč prenesieme na server, použijeme príkaz:
$ ssh-copy-id HPC_USERNAME@login.svarog.hpc.uniza.sk
4. Overenie fungovania prihlásenia bez zadávania hesla použitím príkazu, ktorý vráti cestu do domovského adresára /datafs1/home/HPC_USERNAME:
$ ssh HPC_USERNAME@login.svarog.hpc.uniza.sk pwd
Windows
- Prihlásime sa do systému ako administrátor
- Inštalujeme program PuTTY s prednastavenými voľbami a predvolenou cestou.
- Vytvoríme adresár pre uloženie kľúčov.
- Stlačíme kombináciu klávesov Windows+R a spustíme príkaz cmd.
- V príkazovom riadku zadáme nasledujúci príkaz pre vytvorenie adresára. LOCAL_USER nahradíme menom používateľa, ktorý bude používať ANSYS
mkdir C:\users\LOCAL_USER\AppData\Roaming\PuTTY
4. Vygenerujeme kľúče pre program PuTTY, spustíme generátor kľúčov – Start > PuTTY > PuTTYgen:
- Spustíme generovanie kľúča Generate.
- Upravíme položku Key comment, zadáme meno počítača.
- Uložíme privátny kľúč Save privavate key, do riadku pre meno súboru zadáme:
C:\users\LOCAL_USER\AppData\Roaming\PuTTY\id_rsa.ppk
- Uložíme verejný kľúč Save public key, do riadku pre meno súboru zadáme:
C:\users\LOCAL_USER\AppData\Roaming\PuTTY\public_key
- Zavrieme program pre generovanie kľúčov.
5. Nainštalujeme vygenerovaný kľúč na HPC server
- V príkazovom riadku zadáme nasledujúci príkaz pre presunutie kľúča na HPC, po vyzvaní zadáme heslo k účtu HPC_USERNAME.
pscp C:\users\LOCAL_USER\AppData\Roaming\PuTTY\public_key
HPC_USERNAME@login.svarog.hpc.uniza.sk:/datafs1/home/HPC_USERNAME
- V príkazovom riadku zadáme nasledujúci príkaz pre inštaláciu kľúča na HPC, po vyzvaní zadáme heslo k účtu HPC_USERNAME.
plink HPC_USERNAME@login.svarog.hpc.uniza.sk "ssh-keygen –i –f public_key >> .ssh/authorized_keys"
6. Vytvoríme systémovú premennú KEYPATH, zadaním príkazu:
setx KEYPATH C:\users\LOCAL_USER\AppData\Roaming\PuTTY\id_rsa.ppk -m
7. Odhlásime sa ako administrátor a prihlásime sa ako používateľ LOCAL_USER.
8. Pre overenie fungovania prihlásenie bez zadávania hesla použijeme nasledujúci príkaz. Príkaz vráti cestu do domovského adresára /datafs1/home/HPC_USERNAME
plink -i "%KEYPATH%" HPC_USERNAME@login.svarog.hpc.uniza.sk pwd
Konfigurácia RSM na lokálnom počítači
- Stiahneme konfiguračné súbory pre RSM – HPC.rsmcc a queues.rsmq.
- V textovom editore (Notepad) otvoríme súbor HPC.rsmcc a nahradíme na dvoch miestach HPC_USERNAME za login používateľa na HPC.
- Súbory presunieme do adresára:
- Linux:
~/.ansys/v212/RSM - Windows:
%APPDATA%\Ansys\V212\RSM
- Linux:
Ansys Workbench a spustenie riešenia úlohy na HPC
Mechanical
Nastavenie RSM v prostredí Mechanical
- V menu Mechanical zvolíme File > Solve Process Settings.
- V dialógovom okne zvolíme Add Queue.
- Zadáme meno HPC a potvrdíme.
- V ľavej časti myšou vyberieme HPC, v pravej časti okna v Settings zvolíme pre RSM Queue: qparallel.
- Stlačíme Advanced …, v okne zaškrtneme voľbu Distribute Solution (if possible), voľbu Max number of utilized cores nastavíme na 20. V položke Additional Command Line Arguments vložíme -mpi openmpi
Spustenie výpočtu na HPC
- Uloženie projektu v menu zvolíme File > Save project
- V strome projektu zvolíme položku Solution.
- Zmeníme voľbu z My Computer na HPC, upravíme počet jadier Cores podľa potreby.
- Stlačíme ikonu Solve.
Monitorovanie výpočtu
- V základnom okne Ansys Workbench v menu Jobs > Open Job Monitor
- V hornej časti okna Job Monitor môžeme zvoliť výpočtovú úlohy a v spodnej časti sa zobrazia detaily výpočtu.
Stiahnutie výsledkov
- V strome projektu zvolíme položku Solution.
- Kliknutím pravým tlačidlom myši vyvoláme menu a zvolíme Get Results
Fluent, CFX, Icepak
Nastavenie použitia RSM
- V základnom okne Ansys Workbench v projekte pre Fluent/CFX klikneme pravým tlačidlom myši na Solution v menu zvolíme Properties.
- V okne Properties zmeníme nasledujúce voľby:
- Update options na Submit to Remote Solver Manager
- RMS Queue na qparallel
- Execution Mode na Parallel
- Number of Processes upravíme počet jadier podľa potreby
Spustenie riešenia
- V základnom okne Ansys Workbench v projekte pre Fluent klikneme pravým tlačidlom myši na Solution v menu zvolíme Update.
Monitorovanie výpočtu
- V základnom okne Ansys Workbench v menu Jobs > Open Job Monitor
- V hornej časti okna Job Monitor môžeme zvoliť výpočtovú úlohu a v spodnej časti sa zobrazia detaily výpočtu.
Stiahnutie výsledkov
- V strome projektu zvolíme položku Solution.
- Kliknutím pravým tlačidlom myši vyvoláme menu a zvolíme Get Results